อาการข้างเคียงของวัคซีนมีความแตกต่างกันไปตามประเภทของวัคซีน

ซึ่งวัคซีนเชื้อตาย มักทำให้เกิดอาการข้างเคียงได้เร็วหลังจากได้รับวัคซีน โดยเฉพาะเรื่องไข้ ส่วนวัคซีนเชื้อเป็นมักมีอาการข้างเคียงคล้ายกับอาการของโรคนั้น ซึ่งพบได้ไม่บ่อยนัก และอาการมักเกิดขึ้นหลังจากได้รับวัคซีนไปแล้วหลายวันอาการข้างเคียงหลังได้รับวัคซีนมี 2 ประเภทใหญ่ๆ คือ